L'Assemblea è l'organo rappresentativo degli Enti associati, determina l'indirizzo politico-amministrativo dell'Unione, ne controlla l'attuazione, adottando gli atti previsti dalla legge ed è composta dai sindaci e assessori pro-tempore dei Comuni aderenti all'Unione, ai sensi dell'art. 12 dello Statuto.

Tale organo di governo svolge le attribuzioni che la legge assegna al Consiglio Comunale e, in particolare, l'approvazione dei bilanci annuale e pluriennale, della relazione previsionale e programmatica, la nomina del Consiglio di Amministrazione e del Presidente dell'Unione, nonché l'adozione degli atti normativi relativi al funzionamento dell'Ente.

Presidente dell'Assemblea è il sig. Marco Pisanu, Sindaco del Comune di Siddi, ed è formata da un rappresentante per ogni Comune associato designato dal Consiglio Comunale, fra i Sindaci e gli assessori pro-tempore degli stessi.